A história continua poucos meses após o final da primeira temporada. O Youkai Gakuen foi reconstruído e o novo semestre começou. Tsukune e seus amigos estão de volta, mais poderosos do que nunca. O segredo da identidade de Anti-Tese é revelado. Novos inimigos ameaçadores surgem no horizonte, e algo muito mais sinistro do que o grupo já enfrentou antes. Tsukune luta contra o monstro dentro de si. C...