Seis anos após os eventos de Nanoha StrikerS, a Nanoha, agora com 21 anos, embarca em novas aventuras. A trama acompanha Touma Avenir, um humano, e Lily Strosek, uma garota/dispositivo inteligente, além da animada vendedora Isis. Juntos, eles se envolverão em emocionantes missões. Enquanto isso, nossas heroínas investigam o caso "Eclipse", no qual Lily está envolvida. Será que eles se encontra...