Uma batalha de espionagem moderna encontra ninjas do Período Edo! A agência de inteligência japonesa "Predator" envia Ichinami e Sankai para recuperar uma pequena arma nuclear. Mas, numa missão inesperada, eles são transportados para o passado, no Japão do Período Edo. O responsável por esse salto temporal é Ieyasu Tokugawa, que planeja dominar o mundo com o núcleo. A partir daí, começa a luta e...