No Japão moderno, pessoas com poderes divinos são chamadas de 'Himiko' e, após certificação nacional, 'Kamisama' ou 'Deus'. Após a morte da avó de Nagi, o santuário de sua cidade natal precisa de um novo deus e está em apuros. O irmão gêmeo de Nagi, Takeru, herdou o poder divino, mas infelizmente é um hikikomori, um introvertido. Por acaso, Nagi se matricula na 'Kamisama Gakkou', a escola para Hi...