Marisa se muda para um novo colégio em uma cidade onde só seres fantásticos (Deuses, Youkais, humanos com poderes e outras criaturas) vivem. Mas, de repente, incidentes misteriosos começam a acontecer pela cidade, e cabe a Marisa e Reimu, com a ajuda da diretora do colégio, Yukari Yakumo, resolver esses mistérios.